ההתיישבות היהודית בקרקוב התפתחה סביב רחוב היהודים, בקרבת כיכר העיר העתיקה והתרחשה בגלים. גל ההתיישבות הראשון הגיע במחצית השנייה של המאה ה 12, כפליטי מסעות הצלב שהתחוללו באירופה המערבית. הגל השני הגיע כעבור מאתיים שנה במחצית המאה ה 14, וגלי הגירה נוספים הגיעו בעקבות המגיפה השחורה, שהשתוללה באירופה וגרמה למותם של מיליוני נפשות. היהודים הוכרזו אז כמחוללי המגיפה ונרדפו בשל כך. אולם הפליטים היהודים לא הגיעו לפולין במקרה. הם הוזמנו אליה ע'י השליטים בשל כישוריהם במסחר, בכספים ובמלאכות שונות, וכדי לפתח את היסוד העירוני שנדרש לשליטי פולין, בפיתוח ארצם. האצולה הפולנית סלדה ממלאכות יד ומסחר, והגרמנים היו אלה שביצעו עבודות אלו בערים הפולניות והם צברו כוח ושלטו בהן. כמשקל נגדי, הזמינו מלכי פולין את היהודים, פתחו בפניהם את ארצם והעניקו להם זכויות מפליגות, עפ"י העיקרון הפיאודאלי "בונה ונבנה".המלך קז'ימיז' אף הרחיב את זכויותיהם בשנים 1364 – 1367 כ"עבדי האוצר" והעניק להם חסינות משפטית בפני ערכאות עירוניות או כנסייתיות. האוטונומיה ומעמד 'יהודי החצר' היו בשיאם ודמותו של "היהודי לבקו, שהיה בנקאי מלכי פולין: קז'ימיז' הגדול, לודביג ההונגרי ווולדיסלב יגלו, ומפקח על מכרות המלח ומנהל המטבעה המלכותית, סימלה את מעמדם.
הקהילה ניהלה חיים יציבים במאות ה 14 ו ה 15, בנתה ביתם, חנויות, בתי כנסת, בית הקהל, מקווה, בית-מדרש, אולם חתונות (בפינת הרח' אנה- יאגלונקה) ושוק יהודי.
במקביל, הגיעו במחצית השנייה של המאה ה 14, פליטים מיהדות פראג והקימו ברובע קז'ימיז' את בית הכנסת ה'אלטה שול'.
אולם, שגשוגם של היהודים היה לצנינים בעיני העירוניים הנוצרים, והם הפעילו לחץ מתמשך לגרשם. במהלך המאה ה 15 היו לא מעט מקרים שבהם הוסת ההמון, התפרע באלימות והצית שריפות והיהודים הואשמו כגורמי האירועים. תכיפות האירועים האלימים קיבעו את אשמת היהודים בתודעת השליטים והלחץ לסילוקם גבר עם חקיקת חוק המגביל את היהודים מלסחור בעיר.
בסוף המאה ה 15 בתקופת שלטונו של המלך יאן אולבריכט, פרצה שרפה גדולה שהיוותה את העילה לפינוי היהודים מאזור רחוב היהודים שבקרקוב, אל קז'ימיז' הסמוכה.
רחוב היהודים והמבנים שהיו שייכים להם נמסרו לאוניברסיטה היגלונית, ובתמורה, היהודים קבלו את המגרשים בקז'ימיז' שיועדו מלכתחילה לאוניברסיטה המתוכננת.